Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 134/PMK.01/2006 tanggal 22 Desember 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan telah diperbaharui dengan Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 101/PMK.01/2008 tanggal 11 Juli 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Makassar II adalah KPPN type A1 yang mempunyai tugas sebagai berikut :
1. Melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendaharawan umum,
2. Penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta
3. Melakukan penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Dalam melaksanakan tugasnya, KPPN Makassar II menyelenggarakan fungsi :
1. Pengujian terhadap dokumen surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan ;
2. Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana dari Kas Negara atas nama Menteri Keuangan (Bendahara Umum Negara) ;
3. Penyaluran Pembiayaan atas beban APBN ;
4. Penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan
5. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran Negara melalui dan dari Kas Negara
6. Pengiriman dan penerimaan kiriman uang ;
7. Penyusunan Laporan Pelaksanaan APBN ;
8. Penyusunan Laporan Realisasi pembiayaan yang berasal dari Pinjaman dan Hibah Luar Negeri ;
9. Penatausahaan Penerimaan Negara Bukan Pajak ;
10. Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi
11. Pembuatan tanggapan dan penyelesaian temuan hasil pemeriksaan
12. Pelaksanaan kehumasan
13. Pelaksanaan administrasi KPPN.